Meten van het microbioom: de techniek is er, nu de toepassing nog
13 maart 2025
Het meten van het microbioom lijkt een veelbelovende techniek voor klinische toepassing. De samenstelling van het microbioom kan mogelijk helpen in bijvoorbeeld diagnostiek, de keuze voor een therapie, en het monitoren van de effecten van een behandeling. Maar, hoewel de techniek grote stappen maakt, moet er nog meer onderzoek gedaan worden om te bevestigen of meten van het microbioom inderdaad geschikt is voor klinische toepassing, en volgens welke methoden. Tot deze conclusie kwam een internationaal panel met expertise op klinische microbiologie en computationele biologie. Hun bevindingen werden afgelopen maand gepubliceerd in The Lancet.
Onderdeel van dit panel is ook prof. Rinse Weersma, MDL arts aan het UMC Groningen en tevens lid van de stuurgroep van Buikbelang. “Het is belangrijk dat we gedegen onderzoek doen naar de praktische toepassing van microbioom testen in de klinische praktijk, voordat we dit op grote schaal gaan toepassen”, zegt Weersma. “Ook via platforms als Buikbelang delen we graag nieuws over veelbelovende ontwikkelingen in het veld. Toch is het ook goed om nieuwe technieken eerst ruim te onderbouwen. Daarom hebben we als expertpanel dit framework opgesteld voor gebruik van microbioom testen voor diagnostische doeleinden”. Het doel van dit framework is om richtlijnen en adviezen te geven die volgens het panel in acht genomen moeten worden bij vervolgonderzoek naar toepassingen van microbioomonderzoek.
Framework: zowel algemeen als specifiek
Op basis van een aantal werkgroepsessies heeft het expertpanel consensus bereikt op diverse statements. Hieruit is vervolgens het framework samengesteld. Voorwaarde voor opname van een statement in het framework was dat minstens 80% van het panel het eens was.
Het framework bevat allereerst veel algemene richtlijnen. Zo beschrijven de onderzoekers bijvoorbeeld dat er kundig personeel op de laboratoria moet werken, dat de gebruikte software up-to-date moet zijn en dat het afnemen en analyseren van samples moet verlopen volgens de protocollen die zijn opgesteld bij het ontwikkelen van de technieken. Aan de andere kant bevat het framework ook meer gedetailleerde methodieken, bijvoorbeeld de temperatuur waarbij de samples bewaard moeten worden en welke sequencingtechnieken het meest geschikt zijn. Het framework is samengevat in onderstaande figuur. In het voorgestelde framework komen allerlei richtingen naar voren voor nieuw onderzoek.
Technische beperkingen en commerciële initiatieven
“In de praktijk lopen we nog tegen een aantal beperkingen aan waardoor het gebruik van het microbioom als diagnostische marker in klinische setting nog niet op grote schaal kan gebeuren”, benoemt Weersma. Na het sequencen van het microbioom is de interpretatie van de genetische data bijvoorbeeld erg complex. Daarnaast is eerder onderzoek nog niet voldoende generaliseerbaar naar het menselijk microbioom en zijn de beschikbare testen nog weinig gevalideerd. Kortom, zo besluiten de onderzoekers: de techniek is veelbelovend, maar het veld is nog niet klaar voor het grootschalig toepassen van het testen van het microbioom voor wijd uiteenlopende klinische toepassingen.
Regulatie is nodig
Omdat het veld nog zo in ontwikkeling is, is er ook nog geen vastomlijnde regulatie van deze technieken. Daardoor is toepassing in klinische setting lastig. Tegelijkertijd ontstaan er ook initiatieven om patiënten via een commerciële route de mogelijkheid te geven om hun microbioom te testen. “De conclusie van de werkgroep is dat er op dit moment geen plaats is voor deze zogenaamde direct-to-consumer microbioom testen”, licht Weersma toe. Het panel hoopt dat het voorgestelde framework een stimulans zal zijn voor onderzoek naar de toepassing in de klinische praktijk, en tegelijkertijd zal leiden tot een meer gestroomlijnde regulatie van microbioom testen. Voor dat laatste is ook een rol weggelegd voor bijvoorbeeld de FDA (de Food and Drug Administration in de Verenigde Staten).
Aan het wetenschappelijke veld heeft het panel een duidelijke boodschap: er is meer onderzoek nodig voordat deze veelbelovende techniek uitgebreider ingezet kan worden. En aan clinici, zo onderschrijft professor Weersma: “Het is duidelijk dat het microbioom ons veel kan vertellen, en we verwachten dat dit in de toekomst ook een rol gaat spelen in de kliniek.”
Bron: Porcari, S., Mullish, B. H., Asnicar, F., Ng, S. C., Zhao, L., Hansen, R., … & Ianiro, G. (2025). International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. The Lancet Gastroenterology & Hepatology, 10(2), 154-167.
Ander nieuws
Probiotica tegen negatieve gevoelens
Het gebruiken van probiotica kan negatieve gevoelens temperen, zo concludeerden Leidse wetenschappers in het Nature tijdschrift Mental Health Research eerder deze maand.24 april 2025
Lifelines NEXT over het darmmicrobioom van moeder en baby
De eerste 1000 dagen van het leven van een kind zijn essentieel voor de ontwikkeling van het immuunsysteem. In deze ‘window of opportunity’ speelt het snel veranderende darmmicrobioom van de baby een cruciale rol.14 april 2025
Save the date: Dutch Microbiome Day op 12 juni
Wageningen Microbiome Center organiseert op 12 juni de Dutch Microbiome Day, op het terrein van Wageningen University & Research.31 maart 2025
